根據“三定方案”， 曲阜市衛生健康局設12個職能科室。
（一）辦公室（掛信訪辦牌子）
負責文電、會務、督查、機要、保密、檔案、信訪、值班、安全等局機關日常運轉以及局機關信息化工作，承擔政府信息和政務公開、建議提案辦理等工作。負責綜合性文稿起草工作。
（二）黨委辦公室（掛黨建辦公室牌子）
負責黨委和所屬單位的黨建工作，加強黨的政治建設、思想建設、組織建設、作風建設、紀律建設。統一組織、規劃、部署黨的工作，提出加強和改進黨的建設的意見和建議，研究制定工作規劃，并抓好組織實施。負責做好黨員發展、教育和管理等基層黨建工作。負責局機關和所屬單位的群團工作。
（三）人事科（ 掛離退休干部科牌子）
負責局機關和所屬單位的機構編制、人事管理、社會保障和隊伍建設等工作。擬訂全市衛生健康人才發展政策并組織實施。負責局機關離退休人員的管理服務工作，指導所屬單位離退休人員的管理服務工作。擬訂全市保健工作政策、規劃并組織實施。承擔濟寧市保健委員會確定的我市保健對象的醫療保健工作。
（四）規劃財務科
承擔健康曲阜戰略協調推進工作。組織擬訂衛生健康事業發展中長期規劃。指導衛生健康服務體系建設及信息化工作，開展衛生健康統計。承擔大型醫用裝備配置管理工作。擬訂全市衛生健康事業政府投入和經濟管理政策并組織落實。承擔預算管理單位預決算、財務、資產管理和內部審計工作。指導、監督衛生健康事業專項經費的管理使用。
負責局機關財務、資產管理工作。負責衛生健康對口支援工作。
（五）政策法規科（掛體制改革科牌子）
組織起草衛生健康、中醫藥相關工作的規范性文件，提出政策建議。承擔規范性文件的合法性審查工作，承擔行政復議、行政應訴、法制宣傳等相關工作。負責推進本系統職能轉變和行政審批制度改革工作，組織編制系統內權責清單，深化簡政放權，加強事中事后監管，優化權力運行流程，推行政務服務標準化。組織開展衛生健康宣傳、健康教育、健康促進行動，承擔衛生健康科學普及、新聞和信息發布工作。承擔全市深化醫藥衛生體制改革具體工作，研究提出深化醫藥衛生體制改革政策、措施的建議。承擔推進公立醫院綜合改革工作。承擔市深化醫藥衛生體制改革領導小組的具體工作。
（六）疾病預防控制科（掛曲阜市衛生應急辦公室、職業健康科牌子）
擬訂重大疾病防治規劃、免疫規劃和嚴重危害人民健康公共衛生問題的干預措施并組織實施。協調有關方面對重大疾病實施綜合防控與干預，完善疾病預防控制體系。承擔法定報告傳染病疫情信息有關工作。承擔衛生應急和緊急醫學救援工作。指導全市衛生應急體系和能力建設。組織編制專項預案，承擔相關演練的組織實施和指導監督工作。承擔突發公共衛生事件應急處置信息管理的有關工作。擬訂職業衛生、放射衛生相關政策、工作規范并組織實施。開展重點職業病監測、專項調查、職業健康風險評估和職業人群健康管理工作。協調開展職業病防治工作。指導基層基本公共衛生服務工作。承擔重要會議與重大活動的醫療衛生保障工作。承擔重要外賓的醫療安排工作。承擔市政府防治艾滋病工作委員會的具體工作。組織開展愛國衛生運動，承擔市愛國衛生運動委員會辦公室的具體工作。
（七）醫政醫管科（掛藥物政策與基本藥物制度科牌子）
擬訂醫療機構以及醫務人員、醫療技術應用、醫療質量和安全、醫療服務、采供血機構管理等行業管理政策規范、標準并監督實施。承擔推進護理、康復事業發展工作。指導醫療機構加強公共衛生服務體系和能力建設。會同有關部門擬訂社會辦醫發展規劃和政策。負責衛生健康系統行業作風建設工作。貫徹落實國家藥物政策和基本藥物制度，執行國家基本藥物目錄，擬訂全市基本藥物使用的政策措施。組織開展藥品使用監測、臨床綜合評價和短缺藥品預警監測，制定短缺藥品供應保障政策并協調實施。提出藥品價格政策和國家基本藥物目錄內藥品生產鼓勵扶持政策的建議。擬訂基層衛生健康政策、標準和規范并組織實施，指導基層衛生健康服務體系建設和鄉村醫生相關管理工作，監督指導基層衛生政策落實。擬訂衛生健康科技發展規劃以及相關政策并組織實施。承擔重點學科、重點實驗室建設有關工作，負責實驗室生物安全監督工作。組織開展住院醫師、專科醫師培訓等畢業后醫學教育和繼續教育工作，協同指導醫學院校教育。組織指導衛生健康領域的對外交流與合作、對外宣傳、援外工作，開展與港澳臺地區的交流與合作。承擔局機關和所屬單位外事管理工作。
（八）綜合監督科（掛食品安全標準與監測科牌子）
擬訂監督工作規范、計劃、重大專項整治方案并組織實施。承擔公共衛生、醫療衛生等監督工作，查處醫療服務市場違法行為。組織開展學校衛生、公共場所衛生、飲用水衛生、職業衛生、放射衛生、傳染病防治監督檢查。負責衛生健康執法指導監督、大案要案督辦、跨區域重大案件查處和組織協調工作。貫徹執行國家和省有關食品安全相關標準。會同有關部門組織開展食品安全風險監測和交流。承擔食品安全企業標準備案工作。
（九）老齡健康科（掛醫養健康產業科牌子）
組織擬訂并協調落實應對全市人口老齡化的政策措施和全市老齡事業發展規劃。建立和完善老年健康服務體系，指導全市老年人權益保障工作。組織擬訂醫養結合的政策、標準和規范。組織擬訂全市健康產業發展規劃、政策并組織實施。指導全市健康產業項目、產業集群、產業基地建設，督促重大產業項目實施。協調健康產業與相關產業融合，推動健康新業態發展。承擔市老齡工作委員會的具體工作。
（十）婦幼健康科
擬訂全市婦幼衛生健康政策、標準和規范并組織實施。推進全市婦幼衛生健康服務體系建設。指導婦幼衛生、出生缺陷防治、嬰幼兒早期發展、人類輔助生殖技術管理和生育技術服務工作。
（十一）人口監測與家庭發展科
承擔全市人口監測預警工作，研究提出人口與家庭發展相關政策建議。完善并落實生育政策，推動計劃生育獎勵扶助制度落實，建立和落實計劃生育特殊家庭扶助制度。擬訂全市計劃生育目標管理責任制考核辦法并組織實施。承擔市人口和計劃生育領導小組的具體工作。
（十二 ）中醫藥管理科
擬訂全市中醫藥有關政策、規劃、標準、規范并組織實施。對全市醫療機構、養老機構中醫藥工作進行指導。組織中醫藥政策調查研究工作。負責中醫藥教育、人才培訓以及科研相關工作。負責中醫藥公共衛生項目管理和績效考核工作。組織開展中藥資源普查，促進中藥資源的保護、開發和合理利用。負責中醫藥健康服務、健康旅游和對外交流合作工作。負責中醫藥文化傳承發展和科普宣傳等工作。
